何点か問い合わせがありましたので、開発ブログに記事としてまとめます。

さくらインターネット(http://www.sakura.ne.jp)のスタンダードプランで複数ドメインでサイトを運用したい場合、以下のような形で運用が可能です。

【ディレクトリ構造】（さくらインターネットのアカウントがaccountidの場合）
/
└home/
 └accountid/　　←アカウントのホームディレクトリ
 　　└www/　　　←ドキュメントルート
　　　　 └cms/　←SOY CMSをインストール
　　　　　 ├admin/　←CMS管理
　　　　　 ├common/
　　　　　 └soycms/　←各サイト管理

testsiteというサイトIDのサイトを作成した場合は以下のようになります。

/home/accountid/www/
 └cms/…　←soycmsをインストール
 └testsite/　←testsiteのディレクトリ
 　├files/
　 ├…
　 ├index.php
　 └.htaccess

【管理画面のURL】
CMS管理　http://accountid.sakura.ne.jp/cms/admin/
各サイト管理　http://accountid.sakura.ne.jp/cms/soycms/

【ドメインの割り当てまで】
SOY CMSでサイトを作成するとwww以下にサイトのディレクトリが作られます。

このままでもtestsiteには
http://accountid.sakura.ne.jp/testsite/
でアクセス可能です。

このサイトに別ドメインを割り当ててアクセスできるようにするには
さくらの管理画面で /home/accountid/www/testsite/ に
ドメインを割り当てる必要があります。

さらに /home/accountid/www/testsite/.htaccess を書き換える必要があります。
「RewriteEngine on」の次の行に「RewriteBase /」と書き足してください。
※他は変更しないでください。

さらにSOY CMSの管理画面でサイトの詳細でのサイトのURLを割り当てたドメインに変更する必要があります。

以上で割り当てたドメインでtestsiteが表示されるようになるはずです。